蜂花粉功效多，營養非常適合于微生物的繁殖生長，那么合理貯藏蜂花粉便顯得十分重要。第一要減少污染，防止發霉變質、蟲蛀;第二要盡量減少有效活性成分的損失。目前，蜂花粉常用的貯藏方法有以下幾種：
1.鮮花粉冷藏法：將新采收的鮮蜂花粉，及時放人多層食品塑料袋或其他容器內密封，置于- 18℃到- 20℃的低溫冷庫或冷柜(箱)里，可保持數年營養活性不變。這種方法只適宜有冷藏條件的蜂場自收自銷。
2.常規干藏法：新采收下來的蜂花粉含水量較高，一般在12%-20%，高達30%—40%。所以無冷藏條件的蜂場，采收蜂花粉后必須及時進行干燥處理，使其含水量降低到5%一8%，裝入食品塑料袋中，雙層密封扎緊，外加編織袋或布袋保護，貯于0~5℃的倉庫中。此法只能短期存放半年左右，蜂花粉成分尚能保持不變。
3.低溫干藏法：將干燥后的蜂花粉裝入塑料袋密封，貯于-5℃以下溫度冷庫、冰柜中，可貯藏數年。這種方法適宜有冷藏條件的家庭、蜂場或加工廠。
4.蜂蜜或白糖貯藏法:將蜂花粉和蜂蜜或白糖按2：1混合，裝入容器內壓實，再撒放一層3—5cm厚的蜂蜜或白糖覆蓋、密封。用這種貯藏方法，在常溫下可保存2年而不變質。此法適宜家庭或蜂場無冷藏條件，少量蜂花粉的貯藏。但使用蜂蜜貯藏花粉一定要用高濃度蜂蜜，謹防用稀蜜而致發酵變酸。
5.充氣貯藏法：將蜂花粉干燥后裝入不透氣(或夾層)塑料袋、錫箔紙袋內，然后抽真空充入氮氣或二氧化碳氣，再密封，置于室溫下可達到長期貯存的目的。這種方法只適合加工生產廠家使用。
蜂花粉在貯藏運輸過程中，不得與有毒、有異味、有腐蝕性和可能產生污染的物品同庫存放或混合運輸，以保證蜂花粉不受污染。